临床上常见的不良反应是头皮的轻度皮炎。偶有报道使用本品后会有下列不良反应：刺激性皮炎(红肿、皮屑和灼痛)，非特异性过敏反应，风团，过敏性鼻炎，面部肿胀，过敏，气短，头痛，神经炎，头晕，晕厥，眩晕，水肿，胸痛，血压变化，心悸和脉搏频率变化等。但这些不良反应与使用的因果关系尚不明确。
有某些患者在使用蔓迪米诺地尔酊的2-4周内会出现脱发增加的情况，这是一种正常现象，国外米诺地尔外用制剂使用中也会出现短暂的脱发增加现象。这是由于蔓迪促进毛囊重新发育，新陈代谢加快，导致原有处于休止期的毛发加速脱落，然后即可长出新的毛发。